基于Open Babel将SDF转为MOL2格式

基于Open Babel将SDF转为MOL2格式

SDF转为MOL2的格式转化步骤很简单，但是需要安装 Open Babel 软件，因为常用Python，索性Openbabel也支持Python，因此通过conda安装。Open Babel 总共包含了两个 Python 模块openbabel和Pybel，可用于访问 Open Babel 工具包的功能。

• openbabel：openbabel 模块允许 Python 直接访问 C++ 的Open Babel 库。这种绑定是通过SWIG软件包生成的，它几乎提供了Open Babel所有接口的Python访问权限，包括基础类OBMol、OBAtom、OBBond 和OBResidue，以及转换框架 OBConversion。因此，C++ API中的几乎所有调用都可以在Python脚本中使用，且语法差异极小，详见：The openbabel module。
• Pybel：一个轻量级的封装，围绕openbabel模块中的类和方法。Pybel 提供了一些方便的函数和类，使得从Python中使用 Open Babel 库变得更加简单，尤其是在文件的输入/输出以及访问原子和分子属性方面。Pybel 使用的 Atom和 Molecule 类可以与openbabel模块使用的OBAtom和OBMol类相互转换，详见：Pybel。

1. 安装Openbebel （On Linux）

使用conda安装。

conda install conda-forge::openbabel

2. 转格式（SDF→MOL2）

使用 Open Babel 的 Python 接口 Pybel 模块，用于处理化学分子文件的读取和格式转换，将一个 SDF 格式的文件中读取第一个分子，并将其转换为 MOL2 格式后保存。

from openbabel import pybel

# read compound (sdf fromat) 
cmd_1=next(pybel.readfile("sdf", "./cmd-1-3d.sdf"))

# convert to mol2 format
cmd_1.write("mol2", "./cmd-1-3d.mol2")

‼️尽管cmd-1-3d.sdf文件中只保存了一个化学分子，仍然使用了 next()> 来访问文件中的第一个（也可能是唯一一个）分子。