DAP-seq(DNA亲和纯化测序)
无需特异性抗体,无需转基因材料,物种不限(动物,植物,微生物),高通量检测转录因子在全基因组的结合位点。
蓝景科信拥有200+物种,3000+转录因子的实验经验,周期短,口碑好,助力客户发表高分文章Cell,Mol Plant,Plant Cell,Plant Physiol,Plant Biotechnol J,J Integr Plant Bio,New Phytol等。
在基因功能组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Sites, TFBS)的发掘一直是研究热点之一。传统的ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而,好的抗体可遇不可求,这限制了ChIP-seq更广泛的应用。
2016年,O'Malley RC等人在Cell上发表了使用DAP-seq技术,快速绘制转录因子调控靶向DNA区域图谱的文章。2017年,Bartlett A等在Nature Protocols上发表了DAP-seq的实验方法。DAP-seq技术使TFBS的研究不再局限于任何生物,不再受抗体质量的限制,为生命科学和医学领域转录因子的研究提供了新型高效的工具。
技术流程
已做物种
植物:
84K杨、桉树、白菜、白菜型油菜、白桦、白木香、百脉根、稗草、板栗、菠菜、菠萝、博落回、菜豆、藏红花、茶树、大豆、大马士革黑种草、大麦、大青杨、大叶秦艽、丹参、地钱、冬瓜、冬枣、杜梨、短小蛇根草、二色补血草、番茄、甘薯、甘野菊、甘蔗、柑橘、高加索三叶草、高粱、狗尾草、谷子、海岛棉、旱柳、核桃、红薯、胡萝卜、花生、黄瓜、黄连、蒺藜苜蓿、角果碱蓬、结缕草、芥蓝、金针菇、茎瘤芥、九叶青花椒、菊花、苦荞、辣椒、蓝花耧斗菜、荔枝、莲、陆地棉、落叶松、马铃薯、马尾松、毛白杨、毛果杨、毛葡萄、毛竹、玫瑰、梅、猕猴桃、棉花、闽楠、牡丹、木薯、拟南芥、欧洲甜樱桃、苹果、葡萄、脐橙、茄子、青蒿、青钱柳、楸树、球等鞭金藻、人参、软枣猕猴桃、三角褐指藻、桑树、草莓、山金柑、山桃、杉木、生菜、柿子、疏花水柏枝、栓皮栎、水稻、酸枣、甜橙、甜瓜、小白菜、夏堇、香椿、香蕉、向日葵、橡胶、小黑杨、小麦、小叶杨、杏、鸭茅、烟草、盐芥、燕麦、杨梅、杨树、银杏、油菜、油松、油桐、玉米、圆叶樱桃、月季、杂花苜蓿、杂交枫香、枣、芝麻、枳、中带鼓藻、竹叶花椒、紫菜、紫花苜蓿、紫薇、无患子、717 杨、百合、百岁兰、伴矿景天、不结球白菜、菜心、滇杨、短芒大麦草、粉葛、凤梨、甘菊、甘蓝、甘蓝型油菜、刚毛柽柳、枸杞、光皮桦、黑麦草、胡杨、黄花蒿、黄花棘豆、灰杨、灰毡毛忍冬、集胞藻、藜麦、柳枝稷、龙须菜、麻疯树、麻竹、蔓菁、芒果、木荷、欧美杨、欧洲云杉、椪柑、普通烟草、千金子、山新杨、芍药、司笃克氏棉、苔藓、桃、甜菜、铁皮石斛、无花果、西瓜、西葫芦、橡胶树、小兰屿蝴蝶兰、小立碗藓、野大豆、罂粟、樱桃、圆果种黄麻、圆柱拟脆杆藻
动物:
驴、飞蝗、新孢子虫、烟粉虱、草地贪夜蛾、斑点叉尾鮰、绵羊、褐飞虱、斜纹夜蛾、华贵栉孔扇贝、曼氏血吸虫、团头鲂、小鼠
真菌:
拟轮枝镰孢菌、猪苓真菌、意大利青霉、草酸青霉、金黄壳囊孢、灵芝、糙皮侧耳、草菇、灰盖鬼伞、虫草、亚洲镰刀菌、蝗绿僵菌、裂殖壶菌、禾谷镰刀菌、元蘑、疫霉、高卢蜜环菌、灰霉菌
细菌:
路德维希肠杆菌、嗜热厌氧杆菌、生氮假单胞菌、布鲁氏菌、肺炎克雷伯菌、类球红细菌、红杆菌科细菌、成团泛菌、铜绿假单胞菌、伯克霍尔德菌、巴西固氮螺菌、大肠杆菌、根瘤菌、解淀粉芽孢杆菌、美人鱼发光杆菌、脓肿分枝杆菌、杀鱼爱德华氏菌、嗜水气单胞菌
部分转录因子家族DAP-seq成功率参考:
注:以上仅供参考,具体转录因子成功率以实验为准。
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